常用的生物学数据库（生物信息数据库有哪些类型）
admin 生物医学术语 2025年08月04日 12:57:07 16
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生物信息学数据库的种类有
生物信息学数据库的种类繁多，可以根据不同的需求进行分类。以下是一些主要的生物信息学数据库种类：基因组数据库：这类数据库存储了关于基因组的序列信息，如DNA序列。例如，GenBank就是一个国际性的DNA序列数据库，它汇集了来自全球各个实验室和测序项目的DNA序列数据。
综合数据库：这类数据库提供全面的生物信息学数据，包括DNA、RNA和蛋白质序列等。例如，国际核酸序列数据库就是一个重要的综合数据库，它由日本的DDBJ、欧洲的EMBL和美国的GenBank三家共同建立和维护。DNA数据库：专注于存储DNA序列及其相关信息。
原生生物和线虫基因组数据库：专注于原生生物和线虫的基因组研究。真菌基因组数据库：收集和分析真菌的基因组数据。昆虫基因组数据库：提供昆虫的基因组信息，有助于昆虫学和相关领域的研究。鱼类数据库：存储鱼类的基因组和相关生物信息。
综合数据库 2 DNA序列数据库 包括与DNA的复制、转录、修复等有密切关系的蛋白质因子。
生物信息学的数据库有哪些类型？各有何特点如下：数据库类型可分为层次型、网状型和关系型。层次型数据库是把数据根据层次构造（树结构）的方法呈现；网状型数据库是采用网状原理和方法，以网状数据模型为基础建立的数据库；关系型数据库是指采用了关系模型来组织数据的数据库。
本文精心整理了生物信息学数据库的全面指南，以便更直观地了解各类数据库的分类和内容。主要类别综合数据库DNA序列数据库： 关注DNA复制、转录和修复过程中相关的蛋白质因子。
常用的生物信息学数据库(下)
1、Literature数据库提供文献参考，Genes数据库适用于基因组测序完成的物种，Proteins数据库提供蛋白质序列、结构和功能信息，Genomes数据库提供物种基因组信息，BLAST数据库用于序列比对，Clinical数据库包含临床试验数据，而PubChem数据库则用于化学信息和生物活性筛选。
2、GEO数据库，由美国国家生物技术信息中心开发和维护，是全球最大的公共基因表达数据库，包含基因表达、染色质免疫沉淀测序、基因组测序和蛋白质组学等多种实验数据。通过Accession Display界面，用户可以获取数据的基本信息及原始数据。
3、基因突变、病理与免疫数据库：包含基因突变、疾病关联及免疫相关信息。代谢途径与细胞调控：提供代谢途径、信号传导及细胞调控等生物过程的数据。基因组信息分析数据库：如SWISS2DPAGE、SIENA2DPAGE等，用于蛋白质序列分析及功能预测。核酸序列预测分析数据库：提供核酸序列预测、分析及功能注释工具。
4、DDBJ（DNA Data Bank of Japan）：DDBJ是日本的国家生物信息学中心，成立于1986年。DDBJ的主要职责是收集、存储、分析和发布日本的生物数据，包括DNA序列、蛋白质序列、基因组数据等。DDBJ的数据库不仅包含了日本本土的数据，还包含了来自全球各地的数据，其中包括许多重要的科研成果。
5、对于生物信息学研究者，掌握生物数据库网站是至关重要的。本文将为你梳理一些核心的和常用数据库，帮助你在组学研究中游刃有余。核心数据库核酸数据库： NCBI的GenBank：美国国家生物技术信息中心的强大资源，提供DNA/RNA/蛋白质序列比对和注释。
6、生物数据库网站大全及其用途如下：核心数据库 核酸数据库 NCBI的GenBank：提供DNA、RNA和蛋白质序列的比对和注释，是生物信息学研究者常用的资源。ENA：由EMBL维护，是国际核酸序列数据库合作联盟的一部分，收录了大量核苷酸序列数据。DDBJ：INSDC成员之一，提供核苷酸序列数据的存储和检索服务。
生命科学、分子生物学科研常用网站分享
1、生命科学、分子生物学科研常用的网站主要包括以下几个：美国国家生物技术信息中心 网址：ncbi.nlm.nih.gov/简介：NCBI是全球最具影响力的生物学网站之一，拥有Genbank等公共数据库。
2、生命科学、分子生物学科研常用网站分享： 美国国家生物技术信息中心（NCBI）网址：https：//简介：NCBI是美国国家分子生物学信息资源中心，也是全球最有影响的生物学网站之一。
3、在科研工作中，查找和参考权威的实验Protocol是确保实验准确性和可重复性的重要步骤。以下是导师强烈安利的9个权威实验Protocol查询网站，它们涵盖了生命科学、物理科学、地球科学等多个领域，为科研工作者提供了丰富的实验方案和技术指南。
4、综上所述，NCBI、EBI以及CNGB作为全球三大分子生物学数据库，通过提供丰富、高质量的数据资源和先进的分析工具，极大地推动了生物信息学的发展与应用，对全球生命科学研究产生了深远影响。
推荐几个常用的生物通路数据库
常用的生物通路数据库包括以下几个：KEGG：简介：一个全面的数据库，提供基因组序列、化学信息以及代谢、信号传导和基因调控通路的系统性理解。特点：涵盖广泛，适用于多种生物体的通路研究。BioCyc：简介：专注于代谢通路，尤其是大肠杆菌的代谢通路，同时也包含人类和其它生物的数据库。
BioCyc专注于代谢通路，尤其是大肠杆菌，同时也包含人类和其它生物的数据库。Reactome数据库侧重于人类和其它物种的细胞代谢和信号通路，提供大量通路信息供研究者使用。WikiPathways是一个开放的社区资源，允许用户贡献和编辑生物通路内容，促进知识共享。
SMPDB：专注于小分子通路的阐明与发现的交互式数据库，提供器官、亚细胞室等信息。WikiPathways：免费数据库，提供最新、丰富的信号通路资源，每月更新。Reactome：免费开源数据库，提供生物信息学工具，用于可视化、解释和分析通路相关知识。
在细胞生物学研究中，以下10个网址数据库是值得了解的干货：NCBI 网址：https：//ncbi.nlm.nih.gov/内容：提供PubMed、GenBank和BLAST等资源，涵盖文献、序列和基因表达数据等生物学信息。UniProt 网址：https：//内容：提供蛋白质序列和功能信息，有助于理解蛋白质功能和结构。
研究信号通路常用的11个数据库包括：KEGG PATHWAY：以其强大的图形功能展示代谢、调控和通路间的复杂关系，是研究信号通路的首选数据库。SMPDB：专为代谢组学等领域提供交互式小分子通路资源，包含丰富的通路信息细节。
世界三大分子生物学数据库
世界三大分子生物学数据库为：美国国家生物技术信息中心NCBI、欧洲生物信息研究所EBI以及中国国家生物信息中心CNGB。美国国家生物技术信息中心NCBI：主要功能：致力于生物信息学数据的收集、管理和分析。数据资源：包括基因组数据库、蛋白质数据库、序列数据库等，为基因组学、蛋白质组学及分子生物学研究提供坚实基础。
综上所述，NCBI、EBI以及CNGB作为全球三大分子生物学数据库，通过提供丰富、高质量的数据资源和先进的分析工具，极大地推动了生物信息学的发展与应用，对全球生命科学研究产生了深远影响。
DDBJ（DNA Data Bank of Japan）：DDBJ是日本的国家生物信息学中心，成立于1986年。DDBJ的主要职责是收集、存储、分析和发布日本的生物数据，包括DNA序列、蛋白质序列、基因组数据等。DDBJ的数据库不仅包含了日本本土的数据，还包含了来自全球各地的数据，其中包括许多重要的科研成果。
网址：https：//简介：NCBI是美国国家分子生物学信息资源中心，也是全球最有影响的生物学网站之一。它开发有Genbank等公共数据库，提供Pubmed、BLAST、Entrez、OMIM、Taxonomy、Structure等工具，可对国际分子数据库和生物医学文献进行检索和分析。
网址：ncbi.nlm.nih.gov/简介：NCBI是全球最具影响力的生物学网站之一，拥有Genbank等公共数据库。它提供Pubmed、BLAST、Entrez、OMIM、Taxonomy、Structure等工具，支持国际分子数据库和生物医学文献的检索和分析，并开发相关分析软件。
本文汇总了目前认可度较高的分子生物学研究相关数据库，涵盖基因信息、基因表达信息、基因功能分析、转录因子、miRNA分析与预测及其他领域。图 遗传中心法则简图 基因信息 基因是产生多肽链或功能性RNA所需的所有核苷酸序列的集合，承载着生命的基本构造与性能信息。
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